December 11, 2014

xargsまたはparalellを用いてRを並列処理させる

list.txtから入力を受け取り、hoge.Rで並列処理をさせる。 hoge.R argv <- commandArgs(TRUE) argv <- strsplit(argv, ",")[[1]] par1 <- as.numeric(argv[1]) par2 <- as.numeric(argv[2]) print(par1) print(par2) list.txt 1,1 1,2 2,1 2,2 xargsを用いる場合 cat list.txt | xargs -P8 -n1 Rscript hoge.R paralellを用いる場合 cat list.txt | parallel -j 8 Rscript hoge.R {}

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